Il convento di San Francesco a Folloni fu fondato dallo stesso San Francesco d’Assisi, di passaggio verso il santuario di San Michele sul Gargano, nel gennaio 1222. Sembra che il Santo avesse lasciato alcuni suoi confratelli nel bosco infestato dai briganti perché vi realizzassero la prima chiesetta, dedicata alla Santissima Annunziata. Il primo edificio duecentesco doveva trovarsi dove ora si trova il corpo di fabbrica che ospita le celle dei frati. Nel XV secolo venne realizzata la seconda chiesa, a navata unica con numerose cappelle laterali. Tra la chiesa duecentesca, integrata nel convento, e quella quattrocentesca venne poi edificato il refettorio, attuale biblioteca. L’odierno complesso architettonico è frutto di un rinnovato intervento edilizio della metà del Settecento, resosi necessario in seguito al terremoto del 1732.